A Igreja de São Nicolau foi profundamente alterada no século XVIII.
Diz-se que é um templo de raiz românica, mas, mesmo a versão de que o primitivo templo foi fundado pela rainha Dona Mafalda, carece de testemunhos documentados que legitimem a sua antiguidade. Muitos autores querem provar a antiguidade deste templo pela espessura das suas grossas paredes, mas o seu traçado arquitetónico é uma reconstrução oitocentista (na qual se aproveitou parte das pedras que pertenciam à antiga igreja da Misericórdia).
No interior da Igreja de São Nicolau, além da talha preciosa e de objetos raros do culto sagrado, encontra-se embutida na parede lateral virada ao nascente a sepultura de D. Francisco Souto Maior Pinto, fidalgo que foi Governador de Angola e capitão – general do reino. Do lado oposto a este túmulo construiu-se, em 1595, uma Capela brasonada, na qual foram esculpidas as 'armas' de António de Azeredo e Vasconcelos, seu fundador. As pinturas da sacristia são atribuídas a Manuel Arnau.
